隐藏任务的设计与主线流程深度结合，需通过特定条件触发。完成一周目后，玩家可从水蓝市港口乘船前往七岛，首个隐藏任务在抵达第一岛时自动开启，需在实验室获取三岛通行证。第二岛的任务链需帮助NPC寻找失踪的女儿，最终在第三岛森林深处击败精灵解救女孩，获得月之石奖励。这些隐藏任务通常需要与多个岛屿NPC互动或解开环境谜题，部分任务道具如蓝宝石、仓库密码等需通过迷宫探索获取。
火箭队相关隐藏任务是七岛剧情的核心之一。在第四岛右上角山洞内，玩家需穿过水路和大瀑布找到科拿，联手击败火箭队成员并收复被捕获的精灵，其中包含可学习任意技能的梦幻。第五岛的仓库任务需先在第六岛使用一字斩开启洞穴迷宫，按上、左、右、下路线取得蓝宝石并获悉密码，随后返回仓库输入两段密码（其中一段需用蓝宝石在第六岛草原交换获得）。这类任务往往涉及跨岛协作，需要玩家对岛屿地形有充分了解。
七岛的特殊精灵捕捉也属于隐藏玩法范畴。除第四岛仓库的梦幻外，第六岛草原可能随机遭遇达克莱伊，第五岛推石解谜后可捕捉未知图腾。华蓝洞窟在二周目开放后，深处藏有70级超梦，需通关全部七岛剧情才能触发。部分隐藏精灵的遭遇机制与环境交互相关，例如月亮岛的乘龙需解开东西方阵谜题后才能到达栖息地，这些设计增强了探索的层次感。
二周目新增的隐藏内容进一步扩展了七岛玩法。训练师塔作为最高难度设施开放，挑战胜利可获得稀有道具；名人记录仪会解锁全地图隐藏对话，集齐特定NPC情报将收到奖励信件；此外根据初始御三家选择，关东地区会随机出现对应的城都圣兽（水君/炎帝/雷公）。这些隐藏要素不直接提示触发条件，需要玩家自主探索岛屿各区域的细节变化。
完成宝石岛下水道追踪可获得区域地图，解决月亮岛火山谜题能拿到萤火之泪等重要道具，而第七岛遗迹探索最终会解锁地区通讯功能。部分任务如修复机器或寻找宝石会影响后期NPC交互，例如第一岛开通通讯后，特定NPC会提供进化石交换服务。多数隐藏任务需按岛屿顺序完成前置条件，盲目探索可能导致关键道具遗漏。
